一是微生物通過代謝將污染物氧化分解為二氧化碳和水等最終產(chǎn)物，或轉(zhuǎn)化為微生物和植物的營養(yǎng)物質(zhì)，比如光合細(xì)菌和芽孢桿菌等，能將惡臭氣體硫化氫轉(zhuǎn)化成自身生長所需要的硫元素。
二是有的微生物含有多糖類黏性物質(zhì)，可以吸附環(huán)境中的污染物。我國土壤重金屬污染形勢嚴(yán)峻，利用微生物吸附重金屬離子，是目前最有發(fā)展前景的治污方法之一。
三是把微生物肥料施入土壤后，有益微生物就成為土壤環(huán)境中的優(yōu)勢菌，能抑制病原菌和腐敗菌的生長。
解決土壤污染，有化學(xué)方法和生物方法。化學(xué)方法就是應(yīng)用殺菌劑處理土壤，由于化學(xué)殺菌劑有好壞“通吃”的特點(diǎn)，在殺滅病原菌的同時，對有益菌的殺傷力會更大，導(dǎo)致土壤中菌群不平衡，可能一時湊效，從長遠(yuǎn)看卻是弊大于利。
生物方法就是施用微生物肥料。有益微生物形成的絕對種群優(yōu)勢，不僅能“吃掉”病原菌，還能變廢為寶。又如，有機(jī)肥自然腐熟靠的是天然微生物，因此，有機(jī)肥自然腐熟是一個緩慢的過程，大部分農(nóng)民使用的都是未腐熟或未完全腐熟的有機(jī)肥，這種有機(jī)肥不但沒用反而有害。應(yīng)用微生物肥料，就能短期內(nèi)把已經(jīng)施入土壤中的有機(jī)肥腐熟，除掉其中的有害菌，增加對土壤和植物真正有用的有機(jī)質(zhì)。
